Masjid Agung Natuna ini diresmikan pada tanggal 04 April 2009 oleh Bupati Natuna, Drs.H Daeng Rusnadi,M.S. Kawasan sekitar masjid juga akan dilengkapi dengan Asrama Haji, Gedung Pertemuan, Gedung Pendidikan, Gedung Komersial, Plaza serta taman kota.
